助成財団とNPO法人の関係は一般的に、NPO法人の応募に対して財団が選考し助成するという形をとることが主でしたが、最近では、単にNPO法人の事業に対する資金的支援をするといった関係にとどまりません。
助成財団自体もテーマを掲げ、それと合致した事業に対して資金的助成をする一方で、財団独自のテーマ(実験的テーマ)に取り組むためにNPO法人と共に事業を企画して実施することもあります。
具体的には財団とNPO法人の協働により、新たなNPO法人の人材の育成を実施したり、同じテーマで取り組む複数のNPO法人に対し、財団が仲介して新たなネットワークを誕生させ新規事業を立ち上げ、それに対して助成するなど、さまざまな方法があります。

